Joseph Allen Hynek è indubbiamente lo scienziato più esperto e documentato che abbia mai messo mano alla casistica UFO; Hynek era già noto come astrofisico, direttore dello Smithsonian Astrophisycal Observatory di Cambridge (Massachusettes), poi direttore del Centro Ricerche Astronomiche Lindheimer presso la Northwestern University e infine preside della facoltà di astronomia dello stesso istituto.
Sebbene dapprima si dimostrò scettico nei confronti dei fenomeni UFO, nel 1963 affermò pubblicamente ed in sede scientifica (sullo Yale Scientific Magazine) che "è assolutamente falso sostenere che gli ufo non sono mai stati visti da persone con una formazione scientifica. Alcuni fra i migliori e più coerenti rapporti provengono da testimoni di questo tipo".
Dal 1963 fu membro attivo e promotore del cosiddetto Collegio Invisibile: un team di ricerca sul fenomeno UFO sovrannazionale, non sottoposto a pressioni politiche o militari di alcun genere. Si trattava in sostanza di incontri informali e periodici tra ricercatori che si tenevano aggiornati sulla questione. Il Collegio Invisibile protrasse la sua attività segretamente fino al 1973, anno in cui l'ingente ondata di avvistamenti avvenuti negli Stati Uniti indusse Hynek a portarlo allo scoperto trasfromandolo nel Center for UFO Studies (CUFOS). In realtà molti degli studiosi facenti parte del Collegio Invisibile non sono ancora noti.
Nel 1972 Hynek pubblicò, in contrapposizione con il Rapporto Condon, The UFO Experience: A Scientific Enquiry, a cui si deve la nota classificazione delle tipologie di incontri ravvicinati. Infine prese a pubblicare una rivista totalmente dedicata allo studio del fenomeno UFO: l'International UFO Reporter.