The Human Equation è un disco che si discosta dal tipico stile del gruppo che narra del monito del menestrello Ayreon e delle vicende a esso correlate, viene solamente recuperato l'espediente del Dream Sequencer, la macchina in grado di trascrivere i sogni di un soggetto. L'album, in doppio CD, è impostato sui pensieri di un innominato protagonista durante 20 giorni di coma (uno per traccia) in ospedale in seguito ad un misterioso incidente. La struttura delle singole canzoni è molto originale, si tratta di una sorta di dialogo interiore tra le varie parti che compongono la psiche del personaggio (ovvia metafora per quella di ogni essere umano), o meglio una lotta tra chi spinge alla sopravvivenza e al ritorno alla vita e chi invece a cedere. Paura, che spinge il personaggio a demordere e a non lottare; Ragione, che incita a farsi forza e reprimere le emozioni; Passione, cieca e incontrollata, a volte positiva, a volte negativa; Orgoglio, che porta il personaggio a pensare a salvarsi, a non lasciarsi sottomettere, ma anche a vendicarsi; Amore, unica speranza per il personaggio che dà coraggio e speranza; Angoscia, combinata con Paura evidenzia la sofferenza e il male di un ritorno alla vita; Rabbia, si presenta poche volte ma ferocemente e in maniera esplosiva. A questi "teatranti" si aggiungono l'Io del personaggio, schiacciato tra tutte le altre figure ma con una sua volontà autonoma, le voci della Moglie e del Miglior Amico che gli danno conforto di fronte al letto di ospedale e infine del Padre.
Alla prima track il protagonista si trova in uno stato di assoluta ignoranza del suo stato che scopre man mano con il progredire dei giorni insieme all'ascoltatore. Man mano ricorda della giovinezza con l'amico, del primo incontro con la moglie, del padre e di come faceva soffrire la defunta madre, della scuola, dell'incidente e dei tradimenti correlati. Lungo questo percorso ha luogo una sorta di viaggio all'interno di noi stessi e delle nostre emozioni tramite il protagonista che man mano comprende se, l'accaduto e lotta con gli addendi dell'equazione umana (Amore, Rabbia...).
Tra i temi, oltre ad amore e amicizia, ve ne sono di più inusuali e meno idilliaci ma quotidiani come il tradimento di amicizia e dell'amore, il legame con la famiglia che ci blocca e la sofferenza che deriva da questi fatti. Il disco, se ascoltato attentamente, non può non coinvolgere perché si tratta delle sofferenze che ogni uomo deve affrontare per avere la forza di sopravvivere. Il percorso di lotta interiore porterà nell'ultima track ad un crescendo verso la redenzione finale che terminerà il coma. La "resurrezione" non è però in realtà un vero lieto fine: i tradimenti rimangono, l'ultima track annuncia sofferenza e dolore, ma il tutto è coperto dal perdono e da nuovi propositi.
La profondità dell'album, il suo alternarsi di emozioni contrapposte, da urla feroci alla pace dei flauti celtici, non potrà non coinvolgere: rabbia, confusione e oppressione. Si ricordi che per poter apprezzare al massimo The Human Equation (come qualsiasi altro disco del gruppo) è necessario effettuare molti ascolti.